Jag har läst lite mer...
Lo/Alter har gjort phylogenetiska träd. Det handlar om att jämföra gag-gensekvenser (specifika DNA sekvenser) mellan virusstammar för att se vilka som ligger närmast varandra "släktmässigt". Lo/Alter fick fram att CFS patienterna hade tre olika stammar av virus (MLV-CFS-typ1,typ2,typ3). De flesta hade stam typ 1 (MLV-CFS-typ1). Hos en frisk person (blod donator) fann de ytterligare en stam av MLV. Det vill säga att de hittade totalt 4 stammar av MLV gammaretrovirus.
Lo/Alter fick fram i sina phylogenetiska träd att de stammar av virus de identifierade med PCR inte hamnar i gruppen XRMV. Alla deras fyra varianter har mer släktskap med polytropiska mus endogena retrovirus (polytropic mouse endogeneous retroviruses) än med XMRV. Polytropiska mus virus infekterar fler djur än möss. Xenotroiska mus virus infekterar ej lägre möss eftersom mössen tillbakabildat receptorer för dessa virus.
Lo/Alter konfiermerade därmed den ursprunliga Lombardistudien av WPI på så sätt att de hittade MLV gammaretrovirus. Lo/Alter hittade däremot inte samma stam av MLV gammaretrovirussom Lombardi. Dock verkar de båda forskargrupperna överens om att det hela verkar stämma. WPI hade funnit en väldigt liten genetisk varians hos sina virus, men det är motsägelsefullt när det gäller retrovirus som är kända för att ha en stor genetisk variation (de muterar ofta). Lo/Alter verkade ha en förklaring till de olika resultaten. De talar om PCR primers som varit för specifika.
Fortfarande ligger Lombardi och Silverman "steget före" på så sätt att de har detekterat virala antigener, antivirala antikroppar och retrovirala partiklar med elektromikroskåp. De har odlat viruset och överfört infektionen på makaker.
Ordlista:
retrovirus = en stor grupp RNA-virus som omvandlar virusets RNA till DNA som sedan införs i värdcellens DNA. HIV och HTLV är exempel på retrovirus. De flesta retrovirus är tumörframkallande.
gamma retrovirus = en undergrupp till retrovirus
ERV = endogenous retrovirus
fylogenetisk = som berör släktets utveckling
MLV = murine leukemia virus, en typ av gammaretrovirus
XMRV = xenotropiskt murine lekukemia related virus
PCR = polymerase chain reaction, en specifik metod i molekylärbiologi för att mångfaldiga en enskild eller några få kopior av en DNA sekvens.
PCR primer = en sträng av nukleidsyra som används som startpunkt för DNA-syntes.
endogent retrovirus = retrovirus som ligger inbyggda i genomet hos värddjuret från tidigare infektion i släktets historia. Det är en sorts fossil som ligger i DNA:t hos t.ex. människor. Cirka 20% (?) av människans DNA beräknas utgöras av retrovirus.
ecotropiskt virus = virus som bara kan infektera ett smalt spektrum av värddjur.
polytropiskt virus = virus som kan infektera flera värddjur.
xenotropiskt virus = virus som ej längre kan infektera sitt ursprungliga värddjur, men därmed inte sagt att det inte kan infektera andra värddjur.
murin = råttdjur, musdjur
gag-sekvens = sekvens i virus DNA som kodar proteiner för uppbyggnad av vissa delar av viruset.
DNA = deoxyribonukleidsyra, en sträng av nukleotider/baspar som kodar hur proteiner skall tillverkas i cellerna. DNA:t ligger i cellernas kärna. Nukleotiderna kan vara adenine (A), guanine (G), cytocine (C) eller uracil (U), och bildar därmed ett kvartärt(=med bas 4) nummer/kod-system.
Bild av gammaretrovirus där det framgår vad gag-sekvensen sitter på DNAt och vad den används till för att bygga upp viruspartikeln med protein.
http://expasy.org/viralzone/all_by_species/67.htmlPhylogenetiskt träd (släktträd) av retrovirus typer:
http://images-mediawiki-sites.thefullwiki.org/11/2/4/5/82691072448968544.jpgReferenser
Lombardi VC et al. Detection of an infectious retrovirus, XMRV, ... 2009
Silverman RH et al. The human retrovirus XMRV in prostate cancer and chronic fatigue syndrome. 2010
Detection of MLV-related virus gene sequences in blood of patients with chronic fatigue syndrome and healthy blood donors
Shyh-Ching Loa, Natalia Pripuzova, Bingjie Li, Anthony L. Komaroff, Guo-Chiuan Hung, Richard Wang, and Harvey J. Alter
May 25, 2010
http://www.pnas.org/content/early/2010/08/16/1006901107.full.pdf+html
